予算の推移（1998年〜2007年）

人員数の推移（2000年〜2007年）

論文数

特許出願数

公的機関共同研究（GSCおよびRSGI）

• 国立大学法人愛媛大学
• 国立大学法人大阪大学
• 国立大学法人岡山大学
• 国立大学法人お茶の水女子大学
• 国立大学法人鹿児島大学
• 国立大学法人金沢大学
• 国立大学法人岐阜大学
• 国立大学法人九州大学
• 国立大学法人京都大学
• 国立大学法人熊本大学
• 国立大学法人群馬大学
• 国立大学法人神戸大学
• 国立大学法人佐賀大学（佐賀医科大学）
• 国立大学法人信州大学
• 国立大学法人千葉大学
• 国立大学法人筑波大学
• 国立大学法人東京医科歯科大学
• 国立大学法人東京海洋大学
• 国立大学法人東京工業大学
• 国立大学法人東京大学
• 国立大学法人東京農工大学
• 国立大学法人東北大学
• 国立大学法人徳島大学
• 国立大学法人鳥取大学
• 国立大学法人長崎大学
• 国立大学法人名古屋大学
• 国立大学法人奈良先端科学技術大学院大学
• 国立大学法人新潟大学
• 国立大学法人弘前大学
• 国立大学法人広島大学
• 国立大学法人福井大学（福井医科大学）
• 国立大学法人北陸先端科学技術大学院大学
• 国立大学法人北海道大学
• 国立大学法人宮崎大学
• 国立大学法人山口大学
• 国立大学法人山梨大学
• 国立大学法人横浜国立大学
• 公立大学法人秋田県立大学
• 公立大学法人札幌医科大学
• 公立大学法人首都大学東京（東京都立大学）
• 公立大学法人奈良県立医科大学
• 公立大学法人横浜市立大学
• 学校法人愛知学院大学
• 学校法人関西文理総合学園　長浜バイオ大学
• 学校法人北里学園　北里大学
• 学校法人京都薬科大学
• 学校法人慶應義塾大学
• 学校法人高知工科大学
• 学校法人埼玉医科大学
• 学校法人順天堂大学
• 学校法人昭和薬科大学
• 学校法人聖マリアンナ医科大学

• 学校法人東海大学
• 学校法人慈恵大学・東京慈恵会医科大学
• 学校法人東京薬科大学
• 学校法人東京理科大学
• 学校法人日本大学
• 学校法人福岡大学
• 学校法人藤田学園藤田保健衛生大学
• 学校法人名城大学
• 学校法人早稲田大学
• 大学共同利用機関法人自然科学研究機構
  （岡崎国立共同研究機構）
• 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構国立遺伝学研究所
• 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構国立情報学研究所
• 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構統計数理研究所
• 独立行政法人宇宙航空研究開発機構
• 独立行政法人海洋研究開発機構
• 独立行政法人科学技術振興機構
• 独立行政法人国立高等専門学校機構
  岐阜工業高等専門学校
• 独立行政法人情報通信研究機構
• 独立行政法人食品総合研究所
• 独立行政法人森林総合研究所
• 独立行政法人農業・生物系特定産業技術研究機構
• 独立行政法人農業生物資源研究所
• 独立行政法人物質・材料研究機構
• 国立感染症研究所
• 国立がんセンター
• 国立国際医療センター
• 国立循環器病センター研究所
• 国立成育医療センター
• 国立精神・神経センター
• 国立長寿医療センター（国立療養所中部病院）
• 財団法人愛成会弘前神経科学研究所
• 財団法人大阪バイオサイエンス研究所
• 財団法人かずさディー・エヌ・エー研究所
• 財団法人癌研究会
• 財団法人実験動物中央研究所
• 財団法人東京都医学研究機構東京都臨床医学総合研究所
• 財団法人東京都高齢者研究・福祉振興財団
• 医療法人財団野口記念会野口病院
• 社会福祉法人枚方療育園
• 愛知県がんセンター
• 神奈川県水産技術センター
• 神奈川県立がんセンター
• 岐阜県生物工学研究所
• 岐阜県生物産業技術研究所
• 千葉県がんセンター

民間企業共同研究（GSCおよびRSGI）

• 旭化成株式会社
• アサヒビール株式会社
• 味の素株式会社
• アドバンソフト株式会社
• アフィメトリクス・ジャパン株式会社
• 株式会社インシリコサイエンス
• インテック・ウェブ・アンド・ゲノム・インフォマティクス株式会社
• 株式会社インプランタイノベーションズ
• エーザイ株式会社
• エステック株式会社
• エヌ・ティ・ティ・ソフトウェア株式会社
• オムロン株式会社
• オリンパス株式会社
• オリンパス光学工業株式会社
• 株式会社カイオム・バイオサイエンス
• 科研製薬株式会社
• 協和醗酵工業株式会社
• 株式会社サイメディア
• サントリー株式会社
• 塩野義製薬株式会社
• ジェノダイブファーマ株式会社
• 株式会社システムデザイン・アクティ
• 株式会社資生堂
• 住友化学工業株式会社
• 住友製薬株式会社
• ゾイジーン株式会社
• 大鵬薬品工業株式会社
• 第一化学薬品株式会社
• 第一三共株式会社（第一製薬株式会社）
• 大日本住友製薬株式会社
• 大陽日酸株式会社（日本酸素株式会社）
• 宝酒造株式会社
• 竹田理化工業株式会社
• タグシクス・バイオ株式会社
• 株式会社ダナフォーム

• 田辺製薬株式会社
• 株式会社東京インスツルメンツ
• 東京エレクトロン株式会社
• 東京ガス株式会社
• 東京化成工業株式会社
• 東レ株式会社
• ナカライテクス株式会社
• 日本アイ・ビー・エム株式会社
• 日本新薬株式会社
• 株式会社ニッポンジーンテク
• 日本たばこ産業株式会社
• 日本電気株式会社
• 日本ＳＧＩ株式会社
• バイオテクノロジー開発技術研究組合
• ハウス食品株式会社
• 株式会社林原生物化学研究所
• 万有製薬株式会社
• 日立計測器サービス株式会社
• 株式会社日立製作所
• 日立ソフトウェアエンジニアリング株式会社
• 株式会社ファルマデザイン
• 富士フィルム株式会社
• 富士通株式会社
• ブルカー・バイオスピン株式会社
• 三井化学株式会社
• 株式会社三菱総合研究所
• 明治製菓株式会社
• 持田製薬株式会社
• 理学電機株式会社
• 株式会社ロコモジェン
• 湧永製薬株式会社
• 株式会社LTTバイオファーマ
• 株式会社NEC情報システムズ
• NECソフト株式会社
• 株式会社ＮＴＴデータ

公的機関共同研究（GSCおよびRSGI）

• The Allen Institute for Brain Science
  アメリカ
• The Jackson Laboratory
  アメリカ
• Dana-Farber Cancer Institute
  アメリカ
• Albert Einstein College of Medicine
  アメリカ
• University of California
  アメリカ
• The George Washington University
  アメリカ
• The Scripps Research Institute
  アメリカ
• Univercity of South Florida
  アメリカ
• Univercity of Illinois
  アメリカ
• University of Oxford
  イギリス
• MRC Human Genetics Unit
  イギリス
• University of Durham
  イギリス
• University of Cambridge
  イギリス
• Telethon Foundation
  イタリア
• Institute Tumori Milano
  イタリア
• International School for Advanced Studies
  イタリア
• The University of Melbourne
  オーストラリア

• Griffith University
  オーストラリア
• University of Queensland
  オーストラリア
• National Medical Genome Centre
  オーストラリア
• Medical Research Council
  カナダ
• McGill University
  カナダ
• Biomedical Sciences Research Center “Al. Fleming”
  ギリシャ
• National University of Singapore
  シンガポール
• Nanyang Technological University
  シンガポール
• University of Basel
  スイス
• Linkopings University
  スウェーデン
• Kalorinska Institutet
  スウェーデン
• Regensburg University
  ドイツ
• University of Copenhagen
  デンマーク
• University of Bergen
  ノルウェー
• University of the Western Cape
  南アフリカ
• University of Cape Town
  南アフリカ

国内包括協定

• 国立大学法人東京工業大学

• 国立大学法人東京大学

海外包括協定

• Weizmann Institute of Science
  イスラエル
• Department of Science and Technology
  インド
• Tata Consultancy Services
  インド
• National Research Council Canada
  カナダ
• Korean Research Institute of Bioscience and Biotechnology
  韓国

• Agency for Science, Technology and Research, A*STAR
  シンガポール
• Kalorinska Institutet
  スウェーデン
• Shanghai Research Institutes of the Chinese Academy of Sciences
  中国

研究協力覚書締結（FANTOM等）

• University of California
  アメリカ
• Columbia University
  アメリカ
• NIH・National Human Genome Research Institute
  アメリカ
• University of Michigan
  アメリカ
• Univercity of Illinois
  アメリカ
• University of North Carolina
  アメリカ
• Thomas Jefferson University
  アメリカ
• Harvard University
  アメリカ
• The Jackson Laboratory
  アメリカ
• Applied Genomics, Inc.
  アメリカ
• Genomics Institute of the Novartis Research Foundation
  アメリカ
• Bumham Institute
  アメリカ
• Creighton University
  アメリカ
• Sun Microsystems
  アメリカ
• Global Determinants, Inc
  アメリカ
• Albert Einstein College of Medicine
  アメリカ
• The Scripps Research Institute
  アメリカ
• The Allen Institute for Brain Science
  アメリカ
• Johns Hopkins University
  アメリカ
• The University of Arizaona
  アメリカ
• Howard Hughes Medical Institute
  アメリカ
• Case Western Reserve University
  アメリカ
• MRC Human Genetics Unit
  イギリス
• University of Durham
  イギリス
• European Bioinformatics Institute
  イギリス
• University of Oxford
  イギリス
• Wellcome Trust Sanger Institute
  イギリス
• European Molecular Biology Laboratory
  イギリス
• The University of Glasgow
  イギリス
• Newcastle University
  イギリス
• University of Edinburgh
  イギリス
• National Laboratory of the Interuniversity Consortium for Biotechnology
  イタリア
• University of Padova
  イタリア
• Institute Tumori Milano
  イタリア
• University of Milan
  イタリア
• The Telethon Institute of Genetics and Medicine
  イタリア
• Dulbecco Telethon Institute
  イタリア
• International School for Advanced Studies
  イタリア
• Institute of Molecular Oncology
  イタリア
• Department of Science and Technology
  インド
• The Agency for the Assessment and Application of Technology of The Republic of Indonesia
  インドネシア
• Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation
  オーストラリア
• University of Queensland
  オーストラリア

• National Health Sciences Centre
  オーストラリア
• The Ludwig Institute for Cancer Research
  オーストラリア
• Flinders Medical Centre
  オーストラリア
• Griffith University
  オーストラリア
• National Research Council Canada
  カナダ
• The Hospital for Sick Children Research Institute
  カナダ
• Mount Sinai Hospital
  カナダ
• Korea Institute of Science and Technology
  韓国
• Korea Research Institute of Chemical Technology
  韓国
• Korean Research Institute. of Bioscience and Biotechnology
  韓国
• Biomedical Sciences Research Center “Al. Fleming”
  ギリシャ
• Genome Institute of Singapore
  シンガポール
• Institute for Infocomm Research
  シンガポール
• Agency for Science, Technology and Research, A*STAR
  シンガポール
• Nanyang Technological University
  シンガポール
• University of Bern
  スイス
• University of Basel
  スイス
• Karolinska Institutet
  スウェーデン
• Linkopings University
  スウェーデン
• Uppsala University
  スウェーデン
• National Institute of Chemistry
  スロヴェニア
• National Chao Tung University
  中国（台湾）
• National Applied Research Laboratories
  中国（台湾）
• Chinese Academy of Sciences
  中国
• Max-Planck-Institut
  ドイツ
• Max-Planck-Institut for Biophysical Chemistry
  ドイツ
• Max-Planck-Institut for Molecular Genetics
  ドイツ
• The University of Bonn
  ドイツ
• German Resource Center for Genome Research
  ドイツ
• New Zealand Association of Crown Research Institutes
  ニュージーランド
• University of Bergen
  ノルウェー
• University of Helsinki
  フィンランド
• Institute Pasteur
  フランス
• National Center for Scientific Research
  フランス
• University Louis Pasteur
  フランス
• Unite de Recherche en Genomique Vegetale（URGV）
  フランス
• Hanoi University of Science
  ベトナム
• University of Liege
  ベルギー
• Universiti Sains Malaysia
  マレーシア
• The University of the Western Cape
  南アフリカ
• National innovation centre for Plant Biotechnology
  南アフリカ
• Institute of Protein Research
  ロシア